年次有給休暇を取得するとき、申請書を提出するよう社員にお願いしていますが、従業員によって提出するタイミングや用紙がバラバラで、管理に困っています。
提出に関するルールを決めたいと思っているのですが・・・

年次有給休暇を取得する際の申請方法については、労働基準法には特に定めはありません。
事業者(企業)ごとに独自の規定を作ることができます。

例えば、就業規則に定めるなどの方法で、会社側と従業員との間で等しく認識が行き渡るよう周知を徹底することが重要です。

ルールの中には、申請書の提出期限や、突発的な遅刻や休みに対する年次有給休暇の対応などを定めます。
また、申請書フォーマットを統一することで、管理が簡単になります。