退職しようとその旨を会社に告げたところ、すでに付与されていた20日の年次有給休暇の日数を、半分に減らされてしまいました。
これは違法ではないのでしょうか?

年次有給休暇は、労働基準法で定められた労働者の権利です。
労働基準法にそって、すでに付与された年次有給休暇日数については、労使間で合意したものであると考えられます。
従って、就業規則等の根拠もなく、一方的に剥奪することはできないといえるでしょう。
いう理屈で対抗することが考えられます。