従業員が退職することになりました。
退職までの残り期間の全てを年次有給休暇を取得することになったのですが、年次有給休暇を取得し出勤しない月でも、その月の定期代を支払わなければならないのでしょうか?

このような状況で定期代を支払う必要があるかどうかについては、会社ごとに決められた就業規則によって異なります。
退職前の年次有給休暇期間について、定期代を支払わないという規程が設けられている場合は、支払わなくてもよくなります
自社の就業規則の確認を行ってみましょう。