フレックスタイム制とは、会社が1ヶ月以内の一定期間の総労働時間を設定し、その中で社員各自が始業時間や終業時間を決めて働くという制度です。

フレックスタイム制の場合、年次有給休暇は総労働時間に加えるのでしょうか?

結論からいうと、年次有給休暇を取得した時間を総労働時間に加えてカウントすることができます

例えば、9時~18時(8時間)を1日の労働時間とした日に年次有給休暇を取得した場合、年次有給休暇を取得した8時間を総労働時間に加えることができます。
半日単位の年次有給休暇の場合も同様で、8時間の半分の労働時間=4時間を総労働時間に加えます。

実働時間が、1ヶ月以内の総労働時間を上回った場合は、時間外手当(残業手当)が発生するため注意が必要です。
(例:総労働時間が160時間の月に、年次有給休暇の取得時間を含め、実労働時間が166時間だったというようなケース)