労働組合活動を行う場合、年次有給休暇を取得して対応しています。
しかし会社側から、「組合活動のための休暇」については認めないといわれました。
どうすればいいのでしょうか?

年次有給休暇を組合活動に利用することについては、問題はありません。
自己の所属事業場の「争議行為」である場合(同盟罷業)を除いては、年次有給休暇の使いみちは制限されません。

これに対して、「組合休暇」が「有給で」与えられる場合は、労働組合法に反するおそれがあります。

労働時間中に労働組合の大会、委員会等に出席したときその時間中の賃金を支払うことは「労働組合の運営のための経費」の援助に該当する。
労組法第7条第3号(昭24・8・8労発第317号)