みなし労働時間制を導入している場合に、年次有給休暇を取得するとどうなるのでしょうか。
年次有給休暇をたくさん取得した月は、通常の月より実労働時間が少なくなるはずです。

実際に働いた実働時間と、年次有給休暇を取得した時間を合計し、その合計時間がみなし労働時間を越えたら、超えた分に時間外手当(残業代)を支払うのでしょうか?

実働時間の中に、年次有給休暇の取得時間は合計しません。
実際に働いた時間が40時間を超えた分について、時間外手当が発生します。


◆実働時間には年次有給休暇の取得時間は含まれない            

実労働時間は、労働に従事した時間のことです。
年次有給休暇を取得した日は、実働時間には含まれません。

例えば、所定労働時間8時間の場合に、月曜日に年次有給休暇を取得。
火曜日~金曜日は毎日8時間労働した場合、1週間の実働時間は32時間となります。
1日8時間、週40時間の法定労働時間を越えていないため、法定外残業は発生しません。