週5日出勤、1日の所定労働時間が8時間の会社で、週に1日年次有給休暇を取得しました。
また、所定休日である土曜日に、5時間の労働を行いました。

日 月 火 水 木 金 土

 出 出 年 出 出 
 勤 勤 次 勤 勤 
 ⑧ ⑧ 有 ⑧ ⑧ 
     給     
      
      

週40時間を越えている場合は、割増賃金の支払いが必要になりますが、この例のような場合は、実働時間は週40時間を超えているといえるのでしょうか?

◆年次有給休暇は勤務時間(実働時間)に含めない               

年次有給休暇は、実働時間に含めません。

上記例では、水曜日に年次有給休暇を1日取得していますが、水曜日の勤務(実働)時間は0時間となります。
有給休暇を取得しても、勤務時間としてはカウントしないのです。

従ってこの例の場合は、月曜・火曜日のそれぞれ8時間と、木曜・金曜の8時間 合計32時間に、土曜日の5時間を加え、週37時間労働したことになります。
週40時間を上回っていないため、時間外手当は発生しません。