労使協定を締結し、年次有給休暇の計画的付与を行っている場合に、
一部の従業員から、その日の年次有給休暇の取得を拒否された場合、
どうすればいいのでしょうか。

年次有給休暇の計画的付与については、労働基準法で以下のように定められています。
労働基準法第39条第5項
「使用者は、当該事業場に、労働者の過半数で組織する労働組合がある場合においては
その労働組合、労働者の過半数で組織する労働組合がない場合においては労働者の
過半数を代表する者との書面による協定により、第1項から第3項までの規定による
年次有給休暇を与える時季に関する定めをしたときは、これらの規定による年次有
休暇の日数のうち5日を超える部分については、
前項の規定にかかわらず、その定
めにより年次有給休暇を与えることができる」

「前項の規定にかかわらず」という規定により、
「年次有給休暇は、労働者の請求する時季に与えなければならない」という時季
指定権や、「事業の正常な運営を妨げる場合」に使用者が行使できる時季変更権に
関係なく計画的付与を行う事ができます。

※「計画的付与の場合には、第39条第4項の労働者の時季指定権及び使用者の時季
 変更権はともに行使できない」(昭63.3.14)基発第150号)

計画的付与に組み入れられた年次有給休暇は、時季指定権が行使できないため、
労働者がその日に年次有給休暇をとることを拒否したとしても、労使協定で定めた
計画どおりに年次有給休暇を付与すればよいということになります。

計画的付与による年次有給休暇の取得を拒否する従業員が、別の日に年次有給休暇の
取得をすることを主張しても、その取得は拒否することができます。

また、計画的付与による年次有給休暇の取得日に労働者が就労することも拒否できます。
(労働基準法第26条「使用者の責めに帰すべき事由による休業」として休業手当の
支払いが必要となることもありません。)