2月15日になって、「欠勤した2月1日を、年次有給休暇で休んだことにして
欲しい」というように、遡って年次有給休暇を消化することはできるので
しょうか?

年次有給休暇の取得には、事前の申し出が必要です。

事前に、取得申し出をすることが出来たにもかかわらず、申し出をせず、
後になって遡って消化したいといった場合、遡及して休暇を与える必要は
ありません。