年次有給休暇の取得を行った月の給与明細を見たら、残業代が
減らされていた･･･という場合、状況によっては違法の場合があります。

まず、会社の就業規則や賃金規則に、どういった規則が定められているかを
確認することが重要です。
就業規則や賃金規則に「残業代込み」とのみ記載され、詳細な説明がない場合、
違法性が高そうだと考えられます。
就業規則や賃金規則に「残業代込み」の内容説明として、「出勤1日あたりで
計算して支給する」といった趣旨の記載がある場合は、違法性は薄そうだと考えられます。
 

まずは、会社の就業規則を確認するとよいでしょう。