入社して半年後から年次有給休暇が取得できる会社において、
入社3ヶ月までは試用期間となっている場合、
試用期間の3ヶ月間は、半年間の中に含まれるのでしょうか？

試用期間の3ヶ月も、継続勤務期間に含まれます。
試用期間を含んだ6ヶ月以上の継続勤務があり、且つ、全労働日の8割以上の
出勤があれば、年次有給休暇を取得することができます。