従業員の無遅刻・無欠勤を奨励するために、精勤手当や皆勤手当といった手当を
支給する会社があります。

従業員が年次有給休暇を取得したことにより、精勤手当などの手当を
減額するといった扱いは、不利益であるとされ、労働基準法で禁じられています。

労働基準法附則第136 条
「使用者は、(中略)有給休暇を取得した労働者に対して、賃金の減額その他
不利益な取扱いをしないようにしなければならない」

年次有給休暇を取得することによって職場内に混乱が生じるようであれば、
そうした事実を本人に伝え、年次有給休暇の取得日を変更してもらうと
いった措置の検討が必要になります。