社員Aが、突発的な業務の対応のため、終業時刻後も継続して勤務を行い、
午前0時をまたぎ午前4時まで深夜勤務を行いました。
帰宅後、社員Aが体調を崩し、所定始業時刻(午前9時)に出勤できなくなり、
年次有給休暇の申請がありました。
同日の早朝4時まで勤務している状況で、申請を受理しても問題ないのでしょうか。

「1日」とは、午前0時から午後12時(24時)までの暦日を指します。
当日の勤務が翌日の午前0時を越える場合のように、継続勤務が2暦日にわたる場合は、
「一勤務」として取り扱うことになっています(昭63・1・1 基発1・婦発1)。

一方で、年次有給休暇については、時間単位取得の場合を除いて、原則として暦日に沿って
付与するものとなっています。
(行政通達 昭26・9・26 基収3964、昭63・3・14 基発150)

日勤勤務の社員Aが、時間外労働によって日をまたいで翌午前4時まで勤務している本例では、
翌日の勤務を免除した場合に、一労働日の年次有給休暇を付与したことになるかどうかが
問題となります。

社員Aは、翌日の一部(午前0~4時まで)をすでに勤務していることから、暦による一労働日
単位の休息が与えられたことにはならないため、年次有給休暇を与えたことにはならないと
考えられます。

従って、「午前0時以降働いた当日」に年次有給休暇を認めた場合、1日単位の年次有給休暇が
成立したとはいえない状況となります。

同日の賃金を100%支給する「特別休暇」を付与するなどの対応を行い、年次有給休暇の付与に
関する出勤率算定の基礎となる「出勤日」に含めるなど、賃金以外の取り扱いについても、
年次有給休暇取得の場合に準じて取り扱うことで、社員Aに不利にならない取り扱いとなると
考えられます。