季節性のインフルエンザにかかり、就業規則の規定や業務命令により
自宅待機となった場合、「会社の都合による休業」となり、
賃金または休業手当が支払われます。

自宅待機中に年次有給休暇を取得することも可能です。
年次有給休暇の請求権は従業員にあるため、
就業規則で「自宅待機は年次有給休暇に振り替える」などと一律に定める
ことはできません。
従業員と個別に相談して決定します。

新型インフルエンザにかかった場合は異なります。
新型インフルエンザは、感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に
関する法律(感染症予防法)で「2類感染症」に指定されています。
「2類感染症」は、都道府県知事の就業制限があるとされており、
新型インフルエンザにかかった従業員に対し、会社は就業禁止を命ずることが
できます。
この場合、自己の健康管理の不備により労務の提供を行う義務を果たせない
ということになり、賃金や休業手当が支払われなくなります(ノーワーク・ノーペイの原則)。