年次有給休暇は労働者の権利です。

傷病手当を申請できる期間でも、年次有給休暇の申請があれば、
使用者はそれを拒むことはできません。

年次有給休暇をすべて使用した後でなくても、傷病手当の支給を受けることができます。

職場復帰後も通院で仕事を休みたいという場合は、年次有給休暇を残しておくのも有効な
方法でしょう。
傷病手当よりも年次有給休暇の方が支給される金額が高いことが多いので、
傷病手当金の不支給を承知で年次有給休暇を使うこともできます。