「情報通信機器を活用した在宅勤務の適切な導入及び実施のための
ガイドライン」(厚生労働省・平成20年ガイドラインの改定)には、

「労働者が在宅勤務(労働者が、労働時間の全部又は一部について、
自宅で情報通信機器を用いて行う勤務形態をいう。)を行う場合においても、
労働基準法、最低賃金法、労働安全衛生法、労働者災害補償保険法等の
労働基準関係法令が適用されることとなる。」


と記載されています。
労働者が在宅勤務を行う場合においても、労働基準法、最低賃金法、
労働安全衛生法、労働者災害補償保険法等の労働基準関係法令が適用されます。
従って、在宅勤務者の年次有給休暇も各種労働基関係法令に沿って対応する必要があります。