年次有給休暇を取得した際に支払われる賃金は、
(1)「通常の賃金」
(2)「平均賃金」
(3)健康保険法の「標準報酬日額」
のいずれかによって決められます(労働基準法39条7項)。

使用者がいずれの支払い方法で賃金を決めているのかによって、支払われる金額が異なります。

(2)の「平均賃金」を基にしている場合の賃金は、(a)「算定すべき事由の発生した日以前
3ヶ月間にその労働者に対し支払われた賃金の総額を、その期間の総日数で除した金額をいう」と
されています(同法12条柱書き、原則)。

ただしその金額は、賃金が労働した日もしくは時間によって算定された場合、または出来高払制
その他の請負制によって定められた場合においては、(b)賃金の総額をその期間中に労働した
日数で除した金額の60%を下回ってはならないとされています(同条1項、平均賃金の最低保障)。

原則で算定した額(a)と平均賃金の最低保障で算定した額(b)のどちらか高い方が「平均賃金」として支払われます。