通常の所定労働時間が8時間の会社で、育児短時間勤務としてAさんの勤務時間を
1日6時間としました。
この時Aさんが年次有給休暇を取得した場合、年次有給休暇分の賃金は、
8時間分支払うのでしょうか?
6時間分支払うのでしょうか?

育児短時間勤務とは「所定労働時間の短縮措置」です。
本来8時間である所定労働時間を、育児をしている一定期間、本人が希望することで
例えば6時間に短縮するものです。
つまり、所定労働時間が短くなっています。

年次有給休暇分の賃金は所定労働時間分の賃金を支払う者である為、
6時間分の賃金を支払えばよいという事になります。