退職が決まり、退職日までに年次有給休暇の残日数を全て消化した場合、
年次有給休暇を取得した期間は出勤していたものとみなされ、
給与が支払われます。

この給与には当然、所得税と住民税がかかります。

退職時に、使用者(企業)に年次有給休暇を買い取って貰った場合、
買い取りによって受け取った金銭は、給与所得ではなく退職所得になります。

退職所得は、勤続年数に応じた退職所得控除を引いた残りの金額の2分の1だけが
課税の対象になります。