年次有給休暇の管理が行き届いていなかったことや、
本人が日本の労働法規や労働慣行を知らなかった為に、過去の年次有給休暇を
付与されていなかった外国人労働者がいることが分かった時、どのように対処したら
いいのでしょうか。

年次有給休暇の消滅時効は2年間となっていますが、時効によって利益を受ける会社側が
時効の利益をうけることを言わなければ(時効の援用)、権利は消滅しません。(民法第145条)

また労働者が外国人就労者であり、日本における労働法規や労働慣行に不慣れだったことが
当然に予想されることを考慮すると、「2年以上前の年次有給休暇は付与する必要はない」と
するのは、法的、経営的に公正を欠く措置と考えられます。
経済的負担限度を抑えつつ、上記の諸問題を整理した上で、解決案を検討するといいでしょう。