年次有給休暇の付与条件に「出勤率」があります。

出勤率は「出勤した日」÷「全労働日」で求められます。
出勤率が8割以上である場合に、年次有給休暇は付与されることになっています。

遅刻や早退をした日については、「欠勤日」として取り扱う企業もありますが、
1分の遅刻でも「欠勤日」になってしまうのはやや極端です。
年次有給休暇の出勤率を求める場合には「出勤した日」に含める方がいいと
考えられます。