夜勤勤務者が年次有給休暇(1日単位、半日単位)を取得した場合、
通常就業したものとして深夜割増金を支払わなければならないので
しょうか?

年次有給休暇の賃金は、労使協定や就業規則等の規定に明記することを条件に
3種類の計算式が認められています。
「所定労働時間労働した場合に支払われる通常の賃金」を支払うとされている場合は、
所定労働時間に通常支払われる賃金に、深夜割増賃金や交替勤務手当が含まれるため、
深夜割増金を支払わなければならないことになります。