フレックスタイム制をとっている場合でも、年次有給休暇の
半日単位の取得を行う事が可能です。

フレックスタイム制で問題になるのは、半日休暇における
「半日」が、どこからどこまでの時間なのかという点です。

コアタイムが9時~14時、内休憩時間1時間とすると、
コアタイム内の労働時間は4時間になります。
半日の年次有給休暇を4時間であるとすると、その日は出社
しなくてもコアタイムを満たすということになり、
出社しなくてもいいことになってしまいます。

しかしながら、コアタイムを半分に分けるというのも、
午前中(例えば8時~12時)と午後(例えば13時~17時)
に分けるというのも不自然です。

フレックスタイム制の場合は、妥当な基準でルールを定めて
半休を取得するようにする必要があります。

フレックスタイム制は、始業、終業時刻を自由とするもので
あるため、そもそも半日の年次有給休暇が必要なのか、とい
点も踏まえて検討するといいでしょう。