NPO法人である場合でも、労働者に年次有給休暇を与えなければ
ならないのでしょうか?

年次有給休暇は労働基準法によって定められた労働者の権利で
あるため、NPO法人であっても、要件を満たしている労働者には
与えなければなりません。

また、労働基準法に定められた日数の付与が最低限必要となります。
法定日数を上回る日数の休暇を与えることについては問題は発生しません。