健康診断は、会社(使用者)が従業員に受けさせる義務があります。
また、従業員もこれを受ける義務があります。

健康診断は勤務中に受けることが推奨されている為、ほどんどの会社が
基本的には年次有給休暇として扱っていると考えられますが、
年次有給休暇として扱わなければならないという義務は、会社(使用者)
にはありません。