「年次有給休暇」という場合と、「有給休暇」という場合がありますが、
何か違いがあるのでしょうか?

年次有給休暇と有給休暇は、同じものです。

有給休暇、年休、有休、有給などの略称が使用されていますが、
正式には「年次有給休暇」という名称の労働者のための休暇です。

(労働基準法第39条)