休日出勤を行った為に代休(代替休暇)を取る権利を持った社員が、
代休ではなく年次有給休暇の申請をしてきた場合に、
年次有給休暇ではなく、代休を優先的に取得させることはできるのでしょうか?

年次有給休暇は労働者の権利であり、使用者は、労働者が請求する時季に
年次有給休暇を与えなければなりません。
※事業の正常な運営を妨げる場合を除きます。
(⇒年次有給休暇の消化と時季変更権)

代休を取ることができる日に対して年次有給休暇の申請を受けた場合、
「年次有給休暇ではなく代休を優先して消化させたい」という理由だけでは、
「事業の正常な運営を妨げる場合」に該当するとはいえないため、
年次有給休暇の申請を却下し、代休を消化するよう指示する事はできません。