社員が無断欠勤を行った後、その日について年次有給休暇で振り替えを
行って欲しいと申請を受けた場合、応じなければならないのでしょうか?

使用者は、社員から年次有給休暇を「事前」に請求された場合は、
これを与えなければなりませんが、欠勤を行った後に年次有給休暇への
振替えを要求された場合については、必ず応じなければならないという
労働基準法による決まりはありません。

事後の振替えを認める場合は、就業規則にその旨を定めておく
必要があります。

また、使用者には、労働基準法によって時季変更権が認められています。
⇒時季変更権

使用者が時季変更権を行使するためには、せめて前日までに年次有給休暇
の申請を行ってもらう必要があります。

使用者の時季変更権の権利を奪い、しかし労働者だけが年次有給休暇取得の
権利を主張するという状態は平等とは言えないと考えられるため、
無断欠勤後に年次有給休暇の振り替えを認めなければならないとは言えません。

では、無断欠勤をした日について、社員本人は欠勤扱いでいいとしている
ものを、使用者が年次有給休暇の消化を目的に、当該日にちを年次有給休暇に
振り返ることはできるのでしょうか?

この場合、使用者は社員の意思に反して年次有給休暇に振り替えを行う事はできません。
年次有給休暇の取得は労働者の権利であり、労働者が使用者に年次有給休暇の取得
時期を指定した時に、その日の労働を免除されるものです。

使用者が勝手に年次有給休暇に振り替えを行う事によって、労働者の権利を
奪うことはできません。