1日分の年次有給休暇の申請を受けた場合に、その半日分だけ時季変更権を
行使することはできるのでしょうか?

半日休暇制度を設け、半日単位で年次有給休暇を付与する規定がある場合でも、
自動的に半日単位で時季指定権を行使できるわけではありません。

「半日単位」の年次有給休暇取得への変更を打診し、本人が同意して、
年次有給休暇の申請内容を変更すれば、違法性は生じません。
「半日単位」の年次有給休暇へ内容を変更するよう、無理強いをすることはできません。

平成7年7月27日に出された基発第33号通達では、「1日単位の年次有給休暇の時季を
指定しているにもかかわらず、これに反して、使用者が半日単位で年次有給休暇を
賦与することはできないものであることはいうまでもない」とされています。