半日単位で年次有給休暇を取得する場合に問題となるのは、
「半日」がどこからどこまでなのか、という点です。

09:00~18:00(昼休憩12:00~13:00)という実働8時間の
会社で半休を取得する場合、2つの方法が考えられます。

(1)1日の所定労働時間8時間の「半分」と考える場合、
  午前半休は09:00~13:00、午後半休は14:00~18:00の
  4時間ずつとなります。

(2)午前、午後で1日を「半分」に分ける場合は、
  午前半休は09:00~12:00、午後半休は13:00~18:00と
  なります。

会社(使用者)としては、どちらを選んでも法律的な問題はありませんが、
会社の業務にあわせて就業規則でルールを定めておきましょう。