年次有給休暇の消化数を、賞与の査定時にマイナス評価としてしようする使用する
ことはできるのでしょうか?

年次有給休暇は、労働基準法で定められた労働者の権利です。
年次有給休暇の取得を賞与の査定でマイナス評価にすることは、
労働者の権利である年次有給休暇をとることを事実上抑制することになります。
従って、このようなマイナス評価は労働者に対する不利益な扱いとなります。

労働基準法は、年次有給休暇を取得した労働者に対して、使用者が賃金を
減額したり、不利益な取扱いをしないようにしなければならないと定めています
(労基法附則136)。

精皆勤手当や賞与の算定の際に、年次有給休暇を欠勤扱いにすることなどが
不利益取扱いに当たります(S63.1.1 基発1)。

参照:「厚生労働省Q&A
    年次有給休暇をとると賞与の査定でマイナス評価にされてしまいます。」