無遅刻・無欠勤であった場合に皆勤手当てを支給しているが、
年次有給休暇を取得した場合は欠勤があったものとみなし、
皆勤手当てを支給しない、という事は可能なのでしょうか?

労働基準法第136条には、

使用者は、第39条第1項から第3項までの規定による有給休暇を取得した
労働者に対して、賃金の減額その他不利益な取扱いをしないように
しなければならない。

と定められています。


年次有給休暇の支給と皆勤手当ての支給の関係については、労働基準法
の違反があるとは言い切れませんが、こういった規則は「年次有給休暇
の取得を抑制する効果をもつもの」であり、労働基準法第39条の精神と、
公序良俗に反するとして民事上無効とされる場合があります。

従って、年次有給休暇を取得した場合でも皆勤手当ての不支給や減額を
行うべきではないと考えられます。


施行通達でも、

精皆勤手当及び賞与の額の算定等に際して、年次有給休暇を取得した日を
欠勤として、又は欠勤に準じて取り扱うことその他労働基準法上労働者の
権利として認められている年次有給休暇の取得を抑制するすべての不利益
な取扱いはしないようにしなければならないものであること。

年次有給休暇の取得に伴う不利益取扱いについては、従来、[1]年休の取得
を抑制する効果を持ち、法第三九条の精神に反するものであり、[2]精皆勤
手当や賞与の減額等の程度によっては、公序良俗に反するものとして民事
上無効と解される場合もあると考えられるという見地に立って、不利益な
取扱いに対する是正指導を行ってきたところであるが、今後は、労働基準
法上に明定されたことを受けて、上記趣旨を更に徹底させるよう指導を行
うものとすること。(昭六三・一・一基発第一号)


とされています。